利用DAVID進(jìn)行GO/KEGG功能富集分析的詳細(xì)操作步驟

進(jìn)入分析主頁(yè)面，紅框標(biāo)注區(qū)域就是核心操作區(qū)啦～

1. 在「Enter Gene List」框中上傳基因列表，格式要求每行一個(gè)基因，且總數(shù)量不超過(guò) 3000 個(gè)；
2. 點(diǎn)擊「Select Identifier」下拉菜單，選擇基因類(lèi)型 —— 咱們上傳的是基因名（Gene Symbol），所以找到并勾選「OFFICIAL_GENE_SYMBOL」（菜單較長(zhǎng)，耐心找找哦）；
3. 「List Type」選項(xiàng)中，直接選中「Gene List」單選框；
4. 點(diǎn)擊「Submit List」提交即可。

     

Step3：查看核心分析結(jié)果

操作完成后，就能看到完整分析結(jié)果頁(yè)啦！紅框里的折疊欄，分別對(duì)應(yīng) GO（包含 BP、CC、MF 三大類(lèi) —— 忘了它們的含義？可以回頭看看《3 分鐘了解 GO/KEGG 功能富集分析》補(bǔ)補(bǔ)課～）和 KEGG 的分析結(jié)果，一目了然～
 

 

Step4：提取關(guān)鍵結(jié)果并下載

做完分析，下一步就是提取目標(biāo)結(jié)果、準(zhǔn)備可視化啦！具體操作看這里：

1. 結(jié)果頁(yè)中，「Gene_Ontology (3 selected)」折疊欄下，藍(lán)框標(biāo)注的「GOTERM_BP_FAT」「GOTERM_CC_FAT」「GOTERM_MF_FAT」，就是我們需要的 GO 功能富集結(jié)果；
2. 「Pathways (3 selected)」折疊欄里，藍(lán)框的「KEGG_PATHWAY」就是 KEGG 的核心結(jié)果；
3. 想查看每個(gè)類(lèi)別（BP/CC/MF/KEGG）的詳細(xì)數(shù)據(jù)？點(diǎn)擊對(duì)應(yīng)欄目后的「Chart」按鈕（綠框所示）就行～

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點(diǎn)擊「Chart」后，會(huì)顯示包含多列數(shù)據(jù)的詳細(xì)結(jié)果表，核心關(guān)注這幾列：

• 關(guān)鍵列：Term（GO/KEGG 功能術(shù)語(yǔ)）、P-Value（統(tǒng)計(jì)顯著性）；
• 輔助列：Count（富集的基因數(shù)量）、%（富集基因占比）。

想下載結(jié)果？點(diǎn)擊紅框中的「Download File」，會(huì)彈出一個(gè)純文本格式的結(jié)果頁(yè)（看似雜亂但數(shù)據(jù)完整），直接下載或?qū)�入作圖軟件，就能進(jìn)行后續(xù)分析啦～
 

 

Step5：結(jié)果導(dǎo)出與可視化

各位科研小伙伴看文獻(xiàn)時(shí)，肯定見(jiàn)過(guò)不少功能富集分析的圖吧？柱狀圖、高級(jí)氣泡圖是不是很常見(jiàn)？還有人在用 Excel、PPT 慢慢作圖嗎？

下面這種高顏值、高專(zhuān)業(yè)度的圖，是不是正是你想要的？
 

樂(lè)備實(shí)是國(guó)內(nèi)專(zhuān)注于提供高質(zhì)量蛋白檢測(cè)以及組學(xué)分析服務(wù)的實(shí)驗(yàn)服務(wù)專(zhuān)家，自2018年成立以來(lái)，樂(lè)備實(shí)不斷尋求突破，公司的服務(wù)技術(shù)平臺(tái)已擴(kuò)展到單細(xì)胞測(cè)序、空間多組學(xué)、流式檢測(cè)、超敏電化學(xué)發(fā)光、Luminex多因子檢測(cè)、抗體芯片、PCR Array、ELISA、Elispot、PLA蛋白互作、多色免疫組化、DSP空間多組學(xué)等30多個(gè)，建立起了一套涵蓋基因、蛋白、細(xì)胞以及組織水平實(shí)驗(yàn)的完整檢測(cè)體系。