基于微流控平臺的Abseq技術(shù)的原理及在單細(xì)胞多組學(xué)研究中的優(yōu)勢
蛋白質(zhì)是細(xì)胞功能的核心執(zhí)行者，廣泛參與代謝調(diào)控、結(jié)構(gòu)維持、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)等關(guān)鍵生命活動。精準(zhǔn)解析蛋白質(zhì)的表達(dá)水平與修飾狀態(tài)，對揭示細(xì)胞真實狀態(tài)與功能機制至關(guān)重要。
流式細(xì)胞術(shù)是傳統(tǒng)單細(xì)胞蛋白分析的常用手段，通過熒光標(biāo)記抗體實現(xiàn)蛋白檢測，但受熒光光譜重疊限制，可檢測靶點數(shù)量有限，難以實現(xiàn)高通量分析，且對低豐度蛋白的檢測靈敏度不足。質(zhì)譜流式雖在檢測通量與靈敏度上有所提升，但存在儀器成本高昂、操作流程復(fù)雜、樣本前處理要求嚴(yán)苛、無法同步獲取細(xì)胞代謝信息等問題，在大規(guī)模單細(xì)胞蛋白分析中應(yīng)用受限。因此，開發(fā)兼具高靈敏度與高通量的單細(xì)胞蛋白質(zhì)分析技術(shù)已成為迫切需求。
微流控技術(shù)的快速發(fā)展為單細(xì)胞分析提供了有力支撐，可在微納尺度內(nèi)精準(zhǔn)操控細(xì)胞與試劑，完成單細(xì)胞捕獲、裂解、擴(kuò)增及檢測等一體化操作，具有高通量、高靈敏度、低試劑消耗等顯著優(yōu)勢。基于微流控平臺的 Abseq 技術(shù)，成功實現(xiàn)了單細(xì)胞水平蛋白質(zhì)的高通量、高靈敏度檢測。
本期為大家分享單細(xì)胞多組學(xué)研究利器 ——BD AbSeq，可在單一樣本實驗中同時檢測蛋白質(zhì)與 mRNA 表達(dá)，助力更深入地理解蛋白質(zhì)生物學(xué)功能，高效推進(jìn)單細(xì)胞相關(guān)科研進(jìn)程。
1、技術(shù)原理
BD AbSeq 采用寡核苷酸偶聯(lián)抗體（Ab-oligos），通過高通量測序?qū)崿F(xiàn)蛋白表達(dá)定量。該技術(shù)為每個抗體克隆均偶聯(lián)一段特異性寡核苷酸序列，序列中包含抗體特異性條形碼（ABC），并在其兩端分別設(shè)計 3' poly (A) 序列與 5' 通用 PCR 擴(kuò)增序列。利用二代測序?qū)贵w特異性條形碼（ABC）進(jìn)行測序解碼，即可實現(xiàn)蛋白豐度的精準(zhǔn)檢測。將 BD AbSeq 與單細(xì)胞分析系統(tǒng)聯(lián)用，可在同一樣本中同步實現(xiàn) mRNA 與蛋白表達(dá)的聯(lián)合檢測。
2、技術(shù)優(yōu)勢
（1）多組學(xué)分析助力細(xì)胞類型鑒定
BD AbSeq 可同步獲取高參數(shù)蛋白質(zhì)表達(dá)數(shù)據(jù)與單細(xì)胞 RNA-Seq 數(shù)據(jù)，通過補充細(xì)胞類型特異性特征信息，顯著優(yōu)化細(xì)胞類型聚類效果，助力更精準(zhǔn)地分析、表征細(xì)胞特性，深入闡明從 mRNA 轉(zhuǎn)錄到蛋白質(zhì)調(diào)控表達(dá)全過程中的核心生物學(xué)機制。
如圖所示，對健康個體外周血單核細(xì)胞（PBMCs）的分析結(jié)果表明：整合 mRNA 與蛋白質(zhì)的多組學(xué)數(shù)據(jù)，相比單一 mRNA 數(shù)據(jù)，能更精準(zhǔn)地定義細(xì)胞類型，實現(xiàn)更清晰的細(xì)胞聚類，有效提升細(xì)胞分型的準(zhǔn)確性與可靠性。
（2）檢測低表達(dá) mRNA 相關(guān)蛋白靶點
BD AbSeq 能精準(zhǔn)揭示 mRNA 與蛋白表達(dá)的非同步關(guān)系：
針對 CD4、γδTCR 受體等表達(dá)不相關(guān)的分子，蛋白數(shù)據(jù)可劃分出更精細(xì)的細(xì)胞亞群；
對 PD‑1 這類 mRNA 表達(dá)量極低、難以被轉(zhuǎn)錄組檢測的分子，BD AbSeq 可在蛋白水平識別其表達(dá)差異，對解析藥物響應(yīng)機制至關(guān)重要。
（3）發(fā)現(xiàn)新的差異表達(dá)基因
CD45 基因的不同剪接異構(gòu)體（CD45RA/CD45RO）無法通過常規(guī) 3’ RNA‑seq 區(qū)分，而 BD AbSeq 可直接識別對應(yīng)蛋白，精準(zhǔn)分群初始 T 細(xì)胞（naïve）與記憶 T 細(xì)胞（memory）亞群。
這種多組學(xué)聯(lián)合分析，有助于在高度異質(zhì)的細(xì)胞群中開展全面的基因表達(dá)解析與生物標(biāo)志物挖掘。
這種多組學(xué)聯(lián)合分析，有助于在高度異質(zhì)的細(xì)胞群中開展全面的基因表達(dá)解析與生物標(biāo)志物挖掘。
（4）觀察免疫細(xì)胞早期反應(yīng)
在免疫細(xì)胞激活研究中，BD AbSeq 可同步監(jiān)測早期 RNA 與蛋白的動態(tài)變化，在刺激 4 小時后即可捕捉到多種激活標(biāo)志物的顯著改變，并可依據(jù)細(xì)胞反應(yīng)模式定義全新細(xì)胞亞群，助力新型標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)。
（5）探究基因調(diào)控機制
通過小分子抑制劑分別抑制 PBMC 激活過程中的轉(zhuǎn)錄、翻譯及蛋白酶體活性，結(jié)合 BD AbSeq 與 BD Rhapsody 平臺可發(fā)現(xiàn)：
TNF mRNA 與 CD69 蛋白在不同細(xì)胞類型中存在截然不同的調(diào)控模式。
該方案可用于在復(fù)雜樣本中，系統(tǒng)解析多種細(xì)胞類型的基因表達(dá)調(diào)控機制。
3、Ab-seq單細(xì)胞蛋白組檢測哪里有？
樂備實提供Ab-seq蛋白組檢測服務(wù)，最高可達(dá)203種指標(biāo)：
| 貨號 | 產(chǎn)品名 |
| LXBABH203-1 | AbSeq 203Panel(必須搭配BD WTA) |
樂備實（上海優(yōu)寧維生物科技股份有限公司旗下全資子公司），是國內(nèi)專注于提供高質(zhì)量蛋白檢測以及組學(xué)分析服務(wù)的實驗服務(wù)專家，自2018年成立以來，樂備實不斷尋求突破，公司的服務(wù)技術(shù)平臺已擴(kuò)展到單細(xì)胞測序、空間多組學(xué)、流式檢測、超敏電化學(xué)發(fā)光、Luminex多因子檢測、抗體芯片、PCR Array、ELISA、Elispot、PLA蛋白互作、多色免疫組化、DSP空間多組學(xué)等30多個，建立起了一套涵蓋基因、蛋白、細(xì)胞以及組織水平實驗的完整檢測體系。
標(biāo)簽：
單細(xì)胞多組學(xué)
Abseq
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