在腫瘤免疫、自身免疫病等領(lǐng)域，免疫微環(huán)境的 “空間異質(zhì)性” 一直是解析疾病機(jī)制、優(yōu)化治療方案的關(guān)鍵難點(diǎn) —— 傳統(tǒng)檢測(cè)技術(shù)難以同時(shí)捕捉分子表達(dá)與空間位置的關(guān)聯(lián)，而空間組學(xué)技術(shù)的出現(xiàn)，正為這一難題提供全新解法，以下典型案例可直觀展現(xiàn)其核心價(jià)值：
J.Immunother. Cancer（IF=12.469）
基于非小細(xì)胞肺癌巨噬細(xì)胞浸潤的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)，解析抗 PD1/PD-L1 抗體敏感性與耐藥性的決定因素
研究方法：
該研究團(tuán)隊(duì)首先收集 152 例非小細(xì)胞肺癌（NSCLC）患者的腫瘤樣本，通過免疫組化染色檢測(cè) CD163 + 細(xì)胞浸潤情況，并分析其與患者存活預(yù)后的相關(guān)性；隨后選取 CD163 + 細(xì)胞浸潤水平高、低的 16 例患者樣本，采用 NanoString GeoMx 空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)開展分析，解析腫瘤組織的基因表達(dá)譜特征，進(jìn)而明確高 CD163 + 細(xì)胞浸潤腫瘤中，影響免疫檢查點(diǎn)抑制劑（ICBs）治療反應(yīng)（敏感或耐藥）的關(guān)鍵決定因素。
關(guān)鍵發(fā)現(xiàn)：
在細(xì)胞密度分界值方面，基質(zhì)中 CD8⁺T 細(xì)胞以 697 個(gè) /mm² 為界區(qū)分高、低浸潤，腫瘤組織中 CD163⁺巨噬細(xì)胞則以 472 個(gè) /mm² 為高、低浸潤分界值；臨床預(yù)后關(guān)聯(lián)上，基質(zhì) CD8⁺T 細(xì)胞高水平浸潤與較好預(yù)后相關(guān)，而腫瘤組織內(nèi) CD163⁺巨噬細(xì)胞低水平浸潤同樣對(duì)應(yīng)更佳臨床預(yù)后。
選取 CD163⁺浸潤高、低的患者各 8 例，通過 NanoString GeoMx 空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析 78 個(gè)轉(zhuǎn)錄本表達(dá)發(fā)現(xiàn)：腫瘤基質(zhì)與腫瘤細(xì)胞的每個(gè)區(qū)室中，PTPRC（CD45）和 PanCK（多個(gè)細(xì)胞角蛋白基因）可實(shí)現(xiàn)良好區(qū)室分割；無監(jiān)督分層聚類分析顯示，腫瘤 ROIs（感興趣區(qū)域）數(shù)據(jù)集能準(zhǔn)確區(qū)分 CD163⁺浸潤高、低樣本 —— 其中高巨噬細(xì)胞浸潤腫瘤中，ITGAM（CD11b）、CCL5、CD27 三個(gè)基因顯著上調(diào)，低 CD163⁺浸潤腫瘤中則是 BCL2、HLA-E 顯著上調(diào)。
為進(jìn)一步探究巨噬細(xì)胞與 NSCLC 患者治療反應(yīng)的關(guān)聯(lián)，研究者對(duì) 8 例高巨噬細(xì)胞浸潤腫瘤的 78 個(gè)轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行原位分析：無監(jiān)督分層聚類分析表明，基質(zhì) ROIs 數(shù)據(jù)集可有效區(qū)分 ICBs 治療應(yīng)答者與非應(yīng)答者；基質(zhì)區(qū)域分析顯示，有 10 個(gè)基因在二者間存在差異表達(dá)，且應(yīng)答者的 CSF1R 表達(dá)顯著高于非應(yīng)答者。此外，在 49 例具有 scRNA-seq 數(shù)據(jù)的 NSCLC 樣本中，高 CSF1R 表達(dá)與更長(zhǎng)的疾病控制時(shí)間（DCB）、更優(yōu)的無進(jìn)展生存期（PFS）及總生存期（OS）相關(guān)。
Clin. Cancer Res（IF=13.801）
黑色素瘤免疫治療患者使用DSP技術(shù)發(fā)現(xiàn)預(yù)測(cè)標(biāo)志物
研究方法：
本研究采用搭載 44 重抗體混合物的 NanoString GeoMx DSP（數(shù)字空間 Profiler）技術(shù)，針對(duì)接受免疫治療的黑色素瘤患者樣本開展檢測(cè)，旨在篩選新的生物標(biāo)志物（biomarker）。檢測(cè)過程中，重點(diǎn)聚焦巨噬細(xì)胞、白細(xì)胞、黑色素細(xì)胞三個(gè)特定細(xì)胞區(qū)室，通過該技術(shù)對(duì)每個(gè)區(qū)室的目標(biāo)蛋白進(jìn)行定量分析，最終生成 132 個(gè)定量變量，為后續(xù)生物標(biāo)志物的挖掘提供數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。
關(guān)鍵發(fā)現(xiàn)：
本研究通過分析 132 個(gè)定量變量，得出以下關(guān)鍵發(fā)現(xiàn)：其中 11 個(gè)免疫標(biāo)志物與黑色素瘤患者無進(jìn)展生存期（PFS）延長(zhǎng)相關(guān)，15 個(gè)免疫標(biāo)志物與總生存期（OS）延長(zhǎng)相關(guān)。在 60 例黑色素瘤患者樣本的進(jìn)一步分析中發(fā)現(xiàn)，CD68 陽性區(qū)域內(nèi) CD8⁺細(xì)胞計(jì)數(shù)高的患者，不僅擁有更長(zhǎng)的 OS 與 PFS，且對(duì)免疫治療的響應(yīng)更佳；此外，PD-L1 在 CD68 陽性細(xì)胞（即巨噬細(xì)胞）上的表達(dá)水平，可作為預(yù)測(cè)患者 PFS、OS 及免疫治療反應(yīng)的重要生物標(biāo)志物。
樂備實(shí)DSP空間多組學(xué)檢測(cè)服務(wù)
樂備實(shí)（LabEx）空間組學(xué)平臺(tái)以 NanoString GeoMx DSP 技術(shù)為核心，是融合傳統(tǒng)免疫熒光與數(shù)字可視化編碼技術(shù)的全新空間多組學(xué)研究工具。
該平臺(tái)可在組織切片原位實(shí)現(xiàn)多靶標(biāo)蛋白與全轉(zhuǎn)錄組的空間表達(dá)譜分析，檢測(cè)上限達(dá) 140 種蛋白與 20000 種 RNA，且兼容穿刺樣品、FFPE 石蠟包埋樣品、組織陣列樣品、新鮮 / 凍存樣品等多種樣本類型。
實(shí)驗(yàn)流程上，通過熒光抗體與待測(cè)指標(biāo)共孵育、靈活圈選任意形狀大小的感興趣區(qū)域（ROI）、紫外光解收集 DSP Barcode、結(jié)合 NGS 或 nCounter 平臺(tái)定量分析等步驟，既能保留組織空間信息，又能精準(zhǔn)獲取目標(biāo)區(qū)域的分子表達(dá)數(shù)據(jù)。
平臺(tái)具備高靈敏度、高維度分析優(yōu)勢(shì)，提供預(yù)先驗(yàn)證的檢測(cè) Panel 與客制化方案，可靈活應(yīng)對(duì)腫瘤 / 腫瘤免疫（如腫瘤異質(zhì)性分析、免疫治療標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)）、免疫學(xué) / 感染科學(xué)、神經(jīng)科學(xué)、組織疾病研究、發(fā)育生物學(xué)等多領(lǐng)域需求，還配套標(biāo)準(zhǔn)化及定制化數(shù)據(jù)分析服務(wù)，以箱型圖、散點(diǎn)圖等多種形式呈現(xiàn)結(jié)果，助力科研工作者深入解讀組織異質(zhì)性與復(fù)雜免疫微環(huán)境，為疾病機(jī)制研究和治療靶點(diǎn)挖掘提供關(guān)鍵技術(shù)支撐。
