合成生物學( Synthetic biology) 是一門利用基因組測序技術(shù)、計算機模擬技術(shù)、生物工程技術(shù)和化學合成技術(shù)等,在工程學思想的指導下,通過合成生物功能元件、裝置和系統(tǒng),對細胞或生命體進行遺傳學設計、改造,使其擁有滿足人類需求的生物功能,甚至創(chuàng)造新的生物系統(tǒng)的一門新興交叉融合性學科,在生命科學、化學、材料學、醫(yī)藥與健康等多領域形成了顛覆性技術(shù)。
合成生物學的影響力自21世紀以來迅速上升,它被喻為認識生命的鑰匙、改變未來的顛覆性技術(shù),利用合成生物學技術(shù)生產(chǎn)目的產(chǎn)物,具有高效、經(jīng)濟、環(huán)境友好等一系列優(yōu)點,因此,運用該手段針對各種化學品、新型非天然藥物、天然產(chǎn)物等的研發(fā)與應用正在如火如荼地展開。
1、天然產(chǎn)物的合成生物學
天然產(chǎn)物的合成生物學主要被劃分為三個領域。
第一,對已知藥物進行研究,這種目標藥物的化學成分及其生物合成途徑是已知的,主要目標是改進生產(chǎn)過程,并在比天然藥物更容易控制的宿主體內(nèi)進行。
第二,對存在的未知化合物進行研究,這些化合物存在于細菌基因組,但尚未被發(fā)現(xiàn),合成生物學的主要目標是喚醒隱秘代謝物的生物合成,促進它們的化學和功能表征,并最終利用已知的方法實現(xiàn)生產(chǎn)。
第三,對 “未知的未知”進行篩選,基于當前基因組的發(fā)現(xiàn),這類屬于新化學類別的分子暫時還無法被發(fā)現(xiàn)。
2、微生物天然產(chǎn)物
微生物天然產(chǎn)物一直都是新型生物藥物創(chuàng)新的主要源泉,是目前開發(fā)臨床抗菌、抗腫瘤、免疫抑制劑等藥物的重要資源。隨著臨床耐藥菌的日益增多,新型病原菌和病毒的不斷出現(xiàn),以及新骨架天然產(chǎn)物挖掘難度的逐漸增加,新型微生物藥物的開發(fā)正面臨著巨大挑戰(zhàn)。
傳統(tǒng)的微生物藥物開發(fā),是通過微生物經(jīng)大規(guī)模發(fā)酵培養(yǎng)和分離提取完成的,但是許多能產(chǎn)生有價值的活性化合物的天然菌株存在難以培養(yǎng)、生長速率慢、產(chǎn)量低等缺點,限制了相關的工業(yè)化生產(chǎn)。
作為21世紀生命科學、醫(yī)藥學領域內(nèi)催動創(chuàng)新突破和學科交叉融合的前沿學科,合成生物學的崛起為解決藥物研發(fā)困境提供了新的思路和方法。在充分認識微生物藥物合成途徑的前提下,基于合成生物學原理,可以通過設計和改造優(yōu)勢微生物菌株成為異源高產(chǎn)的底盤細胞,用于更多活性天然產(chǎn)物的生產(chǎn),來突破天然藥物的生產(chǎn)瓶頸。
3、工程菌高密度發(fā)酵
提高工程菌的培養(yǎng)密度,提高產(chǎn)物的比生產(chǎn)率。
通過對生物合成天然產(chǎn)物的研究,尋找到天然產(chǎn)物合成中所需要的酶,通過設計特異性引物,來擴增獲得目的DNA全長片段,然后用相應的限制性內(nèi)切酶對其進行酶切,再用DNA 連接酶將其插入運載體獲得重組DNA分子,最后將重組DNA分子導入受體細胞,并使受體細胞進行擴增。常用的受體細胞有大腸桿菌,枯草桿菌,土壤農(nóng)桿菌,酵母菌和動植物細胞等。(如圖1)
圖1 基因表達載體的構(gòu)建
Figure 1 Construction of gene expression vectors
這種運用基因工程的方法,使外源基因得到高效表達的菌類、細胞株系,一般被稱為“工程菌”(如圖2)。工程菌生長繁殖需要保證其生長代謝所需的各種營養(yǎng)物質(zhì)的濃度、限制阻礙生長代謝的有害物質(zhì)的濃度、維持發(fā)酵溫度、pH值、溶氧量等參數(shù)的適宜范圍等。
圖2 構(gòu)建“工程菌”
Figure 2 Constructing an "engineered fungus"
為了提高工程菌的培養(yǎng)密度,提高產(chǎn)物的比生產(chǎn)率(單位體積單位時間內(nèi)產(chǎn)物的產(chǎn)量),通常會采用高密度發(fā)酵技術(shù)(即微生物在液體培養(yǎng)中細胞群體密度超過常規(guī)培養(yǎng)10倍以上時的生長狀態(tài)的培養(yǎng)技術(shù)),這種技術(shù)不僅可以減少培養(yǎng)體積、強化下游分離提取,還可以縮短生產(chǎn)周期、減少設備投資,從而降低生產(chǎn)成本,提高市場競爭力。
高密度培養(yǎng)的途徑主要有透析培養(yǎng)、細胞循環(huán)培養(yǎng)、補料分批培養(yǎng)等。這種高密度培養(yǎng)技術(shù)和重組DNA技術(shù)的有機結(jié)合,使得原來無法大量獲得的天然蛋白質(zhì)能夠規(guī)模化生產(chǎn)。
霍爾斯(HOLVES)致力于發(fā)酵過程參數(shù)的調(diào)控研究,希望與各界研究人員共同討論發(fā)酵技術(shù)的改進,共同提高發(fā)酵質(zhì)量。
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